El patrimonio del Museo se encuentra distribuido en cuatro salones y una galería, abarcando todo el cuerpo humano, anatomía del desarrollo y malformaciones congénitas, sistema nervioso, esplacnología, aparato locomotor y medios de diagnóstico por imágenes.
Contamos con aproximadamente 600 frascos de disecciones de material cadavérico correspondientes, 
en su mayoría, a piezas de extrema dificultad y alto nivel de complejidad, como la colección de sistema linfático en fetos, del Dr. Isidoro Caplan, o los cortes de tórax del Profesor Eugenio Galli.
Exhibimos una importante galería de preparaciones anatómicas de principalmente de miembro superior, realizadas con distintas técnicas por el Dr. Elbio P. Cozzi y colaboradores.
Esta singular colección muestra inclusiones en resinas y acrílicos, preparados momificados por deshidratación, numerosas fotografías de disecciones y esquemas orientativos.
Además de una muestra de esqueletos humanos en distintos estadíos de crecimiento, contamos con una colección de variadas piezas óseas a disposición de los visitantes (manipulables), con el fin de que sean utilizadas como material de estudio. Hay una muestra de huesos con distintas prótesis, de interés para el estudio anatomoquirúrgico.
También hay un sector de imágenes donde los alumnos pueden apreciar la anatomía normal a través de las bioimágenes, orientados por los auxiliares docentes.
Se puede observar un área dedicada a la antropología y la anatomía comparada y un sector de momias, conformado por dos representaciones artísticas de momificaciones de distintas culturas y una momia realizada según técnicas egipcias básicas.
Hay un espacio de anatomía patológica que comprende cortes encefálicos a través de distintas
regiones del neuroeje y cráneos con malformaciones congénitas.
Custodiamos y exhibimos material de gran valor histórico, como el Acta de fundación de la Asociación Rioplatense de Anatomía (Julio de 1964), firmada por reconocidos anatomistas argentinos como J. C. Casiraghi, D. Mansi y J. L. Martínez, entre otros.
Fotografías y láminas de antiguas clases de anatomía adornan las paredes, junto con valiosos documentos como el Diploma original del Prof. Dr. Pedro Belou (1907) y el Acta de fundación del “Ateneo de Anatomía” en la Cátedra del Profesor Juan José Cirio (1942). También hay ejemplares bibliográficos publicados por estos y otros Profesores Titulares de Anatomía.
Entre las piezas más valoradas del Museo se encuentran: un ejemplar del “Cráneo de Beauchëne” original del taller Tramond–Rouppert (París, fines del siglo XIX) y dos esculturas anatómicas de cera a escala real. Estas piezas aún hoy continúan cumpliendo una importante función pedagógica para los estudiantes, más allá de su gran valor museológico.
Los macro modelos anatómicos provienen de destacados talleres ceroplásticos franceses, uno de ellos (disección completa de cuerpo adulto de sexo masculino que expone los órganos internos) original de Jules Talrich, fechado entre los años 1850 y 1870 y otro (Cabeza, cuello y parte superior del tórax de mujer adulta sobre soporte de hueso natural) realizado por la Maison Tramond, (Taller Vasseur – Tramond, escuela ceroplástica de Rouen, París)entre 1880- 1900.
También exhibimos una importante colección de maquetas de cera, que esquematizan el desarrollo embriológico humano y animal, creadas entre 1885 y 1890 por los anatomistas Dres. Robert Wiedersheim y Friedrich Ziegler.
Hay sectores dedicados a famosas investigaciones e investigadores del cuerpo humano, con material histórico de gran valor, como la “Colección de calcos de encéfalos del Dr. Christofredo Jakob” (1930 - 1940), y el tomo 1 de su “Folia Neurobiológica Argentina”
Exhibimos antiguos libros de anatomía, entre los que se encuentran un ejemplar de: 
- “The anatomy of the arteries of the human body” de Richard Quain (1844),
- las láminas del peculiar “Atlas de anatomía topográfica” de Eugene Louis Doyen (Atlas d'anatomie topographique. Fascicules - Doyen E. L., Bouchon J.P. & Doyen R. – 1911) y
- los dos tomos del “Anatomischer Atlas” de Johann Heinrich Oesterreicher (1845).
Exponemos material original de la investigación forense de dos renombrados casos de criminalística ocurridos en nuestro país en 1915 “Caso Schneider” y en 1955 “Caso Burgos”.
Hay espacios dedicados a homenajear a reconocidos Profesores y Anatomistas, como A. R. Albanese, T. A. Mascitti, S. D. Provenzano, P. Belou, E. Galli, I. Caplan y E. Cozzi, además de los bustos de J. J. Naón, J. L. Testut y J. L. Martinez.
También exhibimos la galería completa de los Profesores Titulares de Anatomía de nuestra Facultad, ordenada cronológicamente desde 1801 hasta la actualidad.
Además del material de estudio anatómico exhibido, el museo ofrece un componente histórico, para que los visitantes no solo puedan conocer más sobre la anatomía humana, sino también contextualizar la historia de esta disciplina, en nuestro país y en el mundo.
